木瓜是有籽的，籽就在果肉中，切開木瓜果實就能看到籽，數量非常多。一般來說，未成熟的木瓜籽未是白色的，而成熟的木瓜籽是黑褐色的，球體，比較硬。木瓜籽能吃，但最好不要直接吃，因爲它的味道非常苦澀，但是可以磨碎後服用。
木瓜種子可以種植，方法也非常簡單，一般在春天進行，栽培時從木瓜中挖出種子，洗淨後浸泡催芽，每天換水，4~5天就可以取出播種，準備好容器和土壤，然後將種子放進土壤裏，澆水等待發芽。
