藿香薊有花,也有果實。開花時會有4-18個小花在莖頂排成傘房狀的花序。它的總苞為鍾狀或者是半球形,總苞片有兩層,呈長圓形或者披針狀長圓形。花色為淡紫色。果實為瘦果,顏色為黑褐色,有白色稀疏的細柔毛,呈長圓形,頂端急尖或者漸狹。它的花果期為全年。