馬鞭草有花和果實。花為穗狀花序腋生或者是頂生。初期花朵比較密集,結果時會疏離。苞片通常短於花萼,有硬毛。花冠為淡紫色後至藍色,外面有微毛。通常在六月到八月之間開花。花後結果,果期集中在七月到十月之間,果實為長圓形,外果皮薄,成熟後有4瓣裂。