瞿麥受到病害感染或是生蟲後,就可以通過打藥來防治。根腐病就是很普遍的病害,若不及時打藥的話,植株根部會變腐爛死亡,可使用多菌靈來進行消毒殺菌。蚜蟲是常見的蟲害,它會阻礙植株生長,還會影響它開花,剛開始可用牙籤捕殺,後期嚴重的時候,可用殺螟鬆乳劑進行噴殺。