種的蔥爛根與積水漚根、連作重茬、根蛆為害、澆蔥水源汙染、除草劑藥害等原因有關。澆水過多，導致土壤積水，根部會腐爛；連年重茬，土壤中病菌較多，易造成蔥的根不腐爛；若除草劑使用不當，也會造成藥害，引起蔥生長受限，葉片發黃乾枯，根部腐爛；除了病害危害，地下害蟲害也會造成蔥的根部腐爛，比如根蛆會咬食大蔥根部，給病菌可趁之機，造成根部腐爛。
