真牡丹花的根部大多為肉質主根和側根,根系比較多;而假牡丹花的根系較少,也有蘿蔔根系。除了根系不同之外,真假牡丹花在枝幹上也有區別,真牡丹枝幹顏色比較深,假牡丹枝幹顏色比較淺。真假牡丹花的花朵也有區別,真牡丹的花朵比較的鮮豔,香味較為濃郁,假牡丹花的花色較淺,香味較淡。