飛燕草有花和果實。它的花序一般生長在分枝的頂端,下端的苞片為葉壯,上端的較小,萼片為紫色、粉色或白色,表面有柔毛。花瓣有三裂,中間的那片頂端還有淺裂,形狀為卵形。它的果實為蓇葖果,長1.8釐米,裏面含有種子,種子長2毫米。