裸子植物的果皮是裸露的，沒有果皮包被，而被子植物有果皮包被。裸子植物有發達的根、莖、葉、種子，沒有花朵、果實，被子植物有根、莖、葉、花、果實、種子，種子不裸露。此外，被子植物不含雙黃酮化合物，而裸子植物除少數類羣外，都含有雙黃酮化合物。
