黃連的根狀莖爲黃色，有分枝，具有很多的鬚根。葉子有很長的葉柄，長度約爲5-12cm，葉片爲卵狀的三角形。具有1-2條花葶，高度約爲12-25cm左右，花瓣爲線形或者是線狀的披針形。種子爲長橢圓形，通常是有7-8粒種子。
