科屬不同:石菖蒲是天南星科菖蒲屬的植物,而九節菖蒲雖然名爲菖蒲,但並不屬於菖蒲屬,而屬於毛茛科的毛茛屬。毒性不同:石菖蒲和九節菖蒲都可以入藥,也都具有一定的毒性。但相比之下,石菖蒲的毒性要比九節菖蒲弱一些。採收季節不同:石菖蒲多在秋冬季節採收,而九節菖蒲多在春季採收。