雲南紅豆杉和南方紅豆杉的區別主要是體現在葉片上。其中雲南紅豆杉的葉片質地較薄,邊緣處會反捲,下面中脈帶以及氣孔帶的顏色是一樣的,且上面有濃密的小乳頭狀的突起。而南方紅豆杉的葉片質地較厚,邊緣部分不會捲曲,或者只有稍微的捲曲。它下面中脈帶和氣孔帶的顏色不同,且沒有乳頭狀突起。