藿香薊是有花的。其花爲頭狀花序,但一般會組成傘房狀,花梗較短,只有1.5釐米左右,總苞片爲鍾狀,分爲兩層,形狀爲長圓形,花冠表面無毛,頂端有柔毛,顏色通常是淡紫色。日常養護中,充足的光照有助於花芽的分化,同時補充磷鉀肥可以起到促花效果。