紅豆杉是有花和果實的。它雌雄異株，球花在葉腋間單生，雄球花爲球形，有花梗，苞片呈覆瓦狀排列，有6-14枚雄蕊。雌球花沒有花梗，裏面有直立的胚珠。花期通過授粉可以結果，果實就是它的種子，呈堅果狀，當年就能成熟，外皮爲紅色。
