三色堇有花和果實。花朵大，通常有紫色，白色和黃色三種顏色。上方的花瓣爲深紫堇色，側方和下方的花瓣都爲三色，且有紫色的條紋。它的花苞較小，呈卵狀三角形。萼片爲綠色，長圓狀披針形。花通常是在四到七月之間開。蒴果爲橢圓形，長8-12毫米，無毛。
