土壤中藻類大多屬藍綠藻、硅藻、綠藻。藻類的個體有單細胞,也有呈絲狀的多細胞,由於它們聚在一起可以形成很大羣體,以致肉眼也容易看見。藻類含有葉綠素,能利用光能將CO2合成有機質。不少藍藻能夠固定空氣中的遊離氮素,在積水的水面和水稻田中常用大量的藻類發育,爲土壤積累有機物質。