九月中上旬，牡丹生長趨於停止，開始進入休眠期，但根部並未完全停止生長。因此，在10月前後進行牡丹分株最理想。此時根部最容易癒合，能促進新根發出，第2年就能開花。如果分株過晚，根部傷口難癒合，翌年發芽後，新根未生或發生很少，不能滿足植株生長和開花時對水分和養分的需求，從而易導致植株萎蔫或死亡；如果分株過早，因氣溫較高，可能萌發新葉，消耗養分，也會影響第2年的生長和開花。
