樹木是微型盆景的主體，是顯露其藝術形態的重要部分。處理時，可根據樹幹本身的特點，因勢利導，作適當處理，以滿足造型的需要。如直乾式的，主幹若挺拔，則不需攀扎，以蓄養側枝爲主，在枝叢上做文章。斜乾式的就要把主幹傾斜偏植於盆的一側，在傾斜的一方枝叢要多留，以取得整體均衡。懸崖式的則可用鐵絲進行攀扎彎曲，調整枝幹的相對位置，達到造型的目的。此外，還可運用提根的方法增加樹姿的蒼老態勢。提根方法一般是先壅土，然後再逐步沖刷。
