花椒樹從落葉到發芽前的休眠期可以修剪，修剪時大多采用短截修剪，疏剪，老樹修剪和多主枝修剪。花椒樹在修剪時需要將徒長枝、幹枯枝、病蟲枝、過密枝、交叉枝、重疊枝、纖細枝全部剪掉，生長結實的樹木要輕剪，生長衰弱且結果樹木要修剪重，這樣植株才能生長更加旺盛。
花椒樹在修剪時，它的切口斜度保證在30度以上，保證光滑，7月份修剪時，每棵樹都必須留下幾根帶葉子的枝梢，能夠確保新枝梢的正常抽發。
